Les juges du TPIY ont estimé que l'ancien policier était « la personnalité la plus importante et la plus influente » de Krajina et que, de ce fait, il ne pouvait qu’être au courant de « la multitude de crimes commis contre les non-Serbes », crimes qui ont poussé des centaines de milliers de civils croates à fuir la région. D’après les juges, qui n’ont pas été convaincus par la ligne de défense de l’accusé selon laquelle il n’aurait fait que défendre son peuple contre l'agression croate, Martic était fortement impliqué dans un projet criminel associant d'autres leaders serbes - notamment Slobodan Milosevic, le général Ratko Mladic et Radovan Karadzic -, et visant à dessiner les contours d'une « grande Serbie » ethniquement homogène qui aurait contenu un tiers de la Croatie.

Âgé aujourd’hui de 52 ans, Milan Martic, qui s’était livré au TPIY en mai 2002, a été reconnu coupable de 18 chefs d'inculpation sur les 19 pour lesquels il était poursuivi. Acquitté du chef d’accusation d’extermination, il a toutefois été reconnu coupable de crimes de guerre et crimes contre l'humanité, dont meurtres, persécutions, déportations, tortures, destructions de villages et attaques contre des civils croates commis pendant des guerres en Croatie (1991-1995) et en Bosnie (1992-1995). Il a notamment été condamné pour avoir ordonné le bombardement aveugle par engins à sous-munitions de la capitale croate, Zagreb, en mai 1995, qui a fait au moins sept morts et 200 blessés.