L'idée d'un tel commandement régional avait germé depuis 2003 dans les couloirs du Pentagone. Jusqu'à présent, l'Afrique ressort de trois commandements différents au sein des forces armées américaines. La majorité des pays africains sont gérés par le commandement européen, basé à Stuttgart en Allemagne. La Corne de l'Afrique relève quant à elle du commandement central qui, basé à Miami en Floride, gère aussi le Proche-Orient et l'Asie Centrale. Enfin, les îles au large du continent, telles que Maurice et Madagascar, font partie du commandement du Pacifique, dont le quartier général est situé à Hawaï.

Désormais, l'ensemble de l'Afrique, y compris les îles, sera géré par le nouveau commandement spécial. Seule, l'Égypte continuera à relever du commandement central, étant donné les liens étroits de ce pays avec le Proche-Orient. Dans l'immédiat, le commandement Afrique sera basé à Stuttgart. À terme, il devrait toutefois être installé quelque part sur le continent noir.

Cette création reflète en réalité l’inquiétude de Washington quant à l’implantation d’organisations terroristes dans certains pays africains, comme l'ont montré les raids que les Américains ont effectués le mois dernier contre des membres présumés d'Al-Qaïda en Somalie. Les États-Unis veulent ainsi empêcher l'Afrique de l'Est de prendre le relais de l'Afghanistan comme base arrière d'Al-Qaïda. Mais ils se préoccupent également de l'importance grandissante de l'Afrique sur un plan stratégique, tandis que le pétrole africain devrait représenter près du quart des importations américaines d'ici 2015.